EKSクラスターを作成するのと、Fargateプロファイルを作成するyamlは分離したかったが、情報が全然なくて辛かった。
サンプル載せておきます。

yamlファイルのサンプル。

fargateProfile.yaml
apiVersion: eksctl.io/v1alpha5
kind: ClusterConfig

metadata:
name: eks-cluster-test-01
region: us-east-1

fargateProfiles:
- name: default
selectors:
- namespace: default
- namespace: kube-system
subnets:
- subnet-***************
- subnet-***************

コマンド
eksctl create fargateprofile -f fargateProfiles.yaml

だめな削除方法
eksctl delete fargateprofile -f fargateProfiles.yaml
→Error: invalid Fargate profile: empty name と怒られる

削除（成功するパターン）
$ eksctl delete fargateprofile --name yzk --cluster eks-cluster-test-01